Jurusan Teknologi Hasil Pertanian Universitas Mulawarman memiliki 4 Laboratorium, yaitu Laboratorium Kimia dan Biokimia Hasil Pertanian, Laboratorium Mikrobiologi Hasil Pertanian, Laboratorium Pasca Panen dan Pengemasan Hasil Pertanian, serta Laboratorium Pengolahan dan Pengawasan Mutu Hasil Pertanian.
Laboratorium ini memiliki fungsi dan peran yang berbeda-beda dalam menunjang penelitian dan praktikum mahasiswa.
