PS THP dipimpin oleh seorang Ketua yang dibantu oleh seorang sekretaris. Ketua dan sekretaris PS THP diangkat oleh Rektor melalui usulan Dekan dan bertanggung jawab langsung kepada Dekan yang syarat-syarat pemilihannya tercantum pada SK Rektor No. 140/KP/2003 tentang syarat dan tata cara pencalonan/pemilihan ketua dan sekretaris jurusan dilingkungan Universitas Mulawarman.
Dalam pengelolaan sarana dan prasarana, Ketua PS dibantu oleh Kepala Laboratorium. Kepala Laboratorium diangkat oleh Rektor atas usulan Dekan setelah mendengar masukan dari Ketua Jursan/PS. Masa jabatan Ketua, Sekretaris, dan Ketua Laboratorium adalah 4 tahun.
Rektor telah menetapkan susunan Ketua, Sekretaris dan Kepala Laboratorium dalam SK no. 23394/UN17/HK/2021 tanggal 25 Agustus 2021. Pembagian tupoksi di dalam struktur organisasi PS THP ditetapkan dalam berita acara rapat koordinasi perencanaan PS THP.

